追記：
このような情報もありました。
http://gpsrsgis.seesaa.net/article/441683778.html
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現時点（2016.3.3）でのファームウェアではPhantom3で撮影した画像のEXIFに記録される高度には、「GPS Altitude」と「Relative Altitude」の二種類あります。
「GPS Altitude」は、GPSで測位した標高楕円体高で精度はあまり良くないようです。
「Relative Altitude」は、気圧センサーによる対地高度で、精度は「GPS Altitude」よりも良さそうです。
※「GPS Altitude」は、標高値としての精度は良くないですが、フライト中の相対的なバラつきは、少ないのかもしれません（分かりません）。
Photoscanでは、高さの値は「GPS Altitude」が参照されるので、出来上がりの高さ（標高値）がズレてしまいます。
そのため、exiftoolを使ってEXIF情報（高さ）を補正する方法を紹介します。
※PhotoscanのCamera Calibration→GPS/INS Offsetを利用するれば補正できるのかもしれませんが、良くわかりません。
1. exiftoolのダウンロード
ここからダウンロードします。
http://www.sno.phy.queensu.ca/~phil/exiftool/
コマンド終了時にEnterを押さなくても良いようにファイル名を以下のように変更しておきます。
exiftool(-k).exe→exiftool.exe
2. 高度の確認
コマンドプロンプトで以下のように打つと、EXIF情報を確認できます。
exiftool.exe DJI_0001.JPG
抜粋
About : DJI Meta Data Format : image/jpg Absolute Altitude : +3.27 Relative Altitude : +51.60 Gimbal Roll Degree : +0.00 Gimbal Yaw Degree : -65.10 Gimbal Pitch Degree : -89.90 Flight Roll Degree : +0.30 Flight Yaw Degree : -65.30 Flight Pitch Degree : +0.90 Version : 7.0 Has Settings : False Has Crop : False Already Applied : False MPF Version : 0010 Number Of Images : 2 MP Image Flags : Dependent child image MP Image Format : JPEG MP Image Type : Large Thumbnail (VGA equivalent) MP Image Length : 273323 MP Image Start : 4512084 Dependent Image 1 Entry Number : 0 Dependent Image 2 Entry Number : 0 Image UID List : (Binary data 66 bytes, use -b option to extract) Total Frames : 1 Image Width : 4000 Image Height : 3000 Encoding Process : Baseline DCT, Huffman coding Bits Per Sample : 8 Color Components : 3 Y Cb Cr Sub Sampling : YCbCr4:2:2 (2 1) Aperture : 2.8 GPS Altitude : 3.2 m Above Sea Level GPS Latitude : 35 deg 23' 59.25" N GPS Longitude : 139 deg 16' 58.14" E GPS Position : 35 deg 23' 59.25" N, 139 deg 16' 58.14" E Image Size : 4000x3000
対地高度（Relative Altitude）が51.6mなのに標高値（GPS Altitude）が3.2mになってしまっています。
3. GPS AltitudeをRelative Altitudeに変更
以下のコマンドを打って、imagesフォルダに入っているJPGファイルのGPS Altitudeの値を Relative Altitudeの値に変更します。なお、gpsaltituderefの値は0だと標高値がプラス、1だと標高値がマイナスを表すので、微妙な場所を飛行させた場合は、個別に考えてください。
※ファイルは上書き更新するようにしているので、あらかじめコピーしておいた方が良いかもしれません。
for %i in (images\*.JPG) do exiftool %i -s -s -s -RelativeAltitude | exiftool -overwrite_original %i "-GPSAltitude<=-" -gpsaltituderef#=0
4. GPS Altitude（Relative Altitudeの値が入っている）にオフセットを加える
Relative Altitudeの値は対地高度なので、それを標高値に変換するために、飛ばし始めの標高値を加えます。
ここでは、例として10mを加えています。
for %i in (images\*.JPG) do exiftool %i -overwrite_original -GPSAltitude+=10
以上です。
